สำนักงานบริหารวัดพระธาตุช่อแฮ พระอารามหลวง จังหวัดแพร่ เป็นหน่วยงานภายในที่ได้จัดรูปแบบในการบริหารจัดการ เพื่อความสะดวกและคล่องตัวในการบริหารงานภายใน โดยได้แ่บ่งแยกเป็นหน่วยงานที่ต้องรับผิดชอบดูแลที่เป็นเรื่องหลักทั้งหมด ซึ่งประกอบด้วย

• งานปกครองพระภิกษุ-สามเณร
• งานสถิติ ทะเบียนประวัติพระภิกษุ-สามเณร
• กองงานเลขานุการ หนังสือรับ-หนังสือส่ง
• งานบริหารบุคคลฝ่ายฆราวาส
• งานการเงิน-บัญชี
• งานกองคลัง
• เทคโนโลยีสารสนเทศ
• งานสาธารณูปการ
• งานเสนาสนะ, พัสดุครุภัณฑ์
• งานไฟฟ้า, ประปา, โทรศัพท์
• งานพิพิธภัณฑ์
• งานสาธารณะสงเคราะห์
• วัตถุมงคล, ดอกไม้ ธูป เทียน ทองคำเปลว
• ยานพาหณะ
• ร้านค้าสวัสดิการเจ้าหน้าที่
• งานประกันสังคม
• กองทุนอาพาธพระภิกษุ-สามเณร
• กองทุนผู้สูงอายุวัดพระธาตุช่่อแฮพระอารามหลวง
• งานต้อนรับอาคันตุกะ
• งานชุมชนสัมพันธ์
• โรงครัว